David Baltimore, creando orden en el caos.David Baltimore, creant l’ordre en el caos.David Baltimore, creating order in the chaos.

Si hay algo que le gusta a un biólogo es el orden, y una de las cosas que enseguida llaman la atención al estudiar Biología es que para todo hay un sistema de clasificación. Estos sistemas de clasificación son fuertes y fiables y definen entidades conocidas, desde los seres vivos (taxones) hasta los genes (familias génicas). Pero hay elementos de la Biología que por su naturaleza son extremadamente difíciles de clasificar, como lo son los virus.

Los virus son unas entidades biológicas que dan problemas hasta para definirlos como entidades biológicas , y la agrupación de los virus en base a sus similitudes, para formar subconjuntos con características más o menos homogéneas, fue una pesadilla hasta hace bien poco.

David Baltimore inventó un sistema de clasificación basado en la química del genoma viral de virón y la polaridad de la cadena de ácidos nucleicos(+ si son idénticos al mRNA viral, y pueden ser transcritos directamente por la maquinaria del huésped, o -, si necesitan un paso intermedio de transcripción) que viene resumido en esta imagen.

Como complemento a esta clasificación, os anexamos esta wiki, Viral Zone, donde encontrareis todas las formas víricas agrupadas de acuerdo con la clasificación Baltimore, además de datos muy interesantes sobre su genoma y las características del ciclo de muchísimos virus. 

Si hi ha alguna cosa que li agrada a un biòleg és l’orde, i una de les coses que de seguida criden l’atenció a l’estudiar Biologia és que per a tot hi ha un sistema de classificació. Estos sistemes de classificació són forts i fiables i definixen entitats conegudes, des dels sers vius (taxones) fins als gens (famílies gèniques). Però hi ha elements de la Biologia que per la seua naturalesa són extremadament difícils de classificar, com ho són els virus.

Els virus són unes entitats biològiques que donen problemes fins per a definir-los com a entitats biològiques, i l’agrupació dels virus basant-se en les seues similituds, per a formar subconjunts amb característiques més o menys homogènies, va ser un malson fins fa ben poc.

David Baltimore va inventar un sistema de classificació basat en la química del genoma viral de virón i la polaritat de la cadena d’àcids nucleics (+ si són idèntics al mRNA viral, i poden ser transcrits directament per la maquinària de l’hosteo o -, si necessiten un pas intermedi de transcripció) que ve resumida en esta imatge.

Com a complement a esta classificació, vos annexem esta wiki,  Viral Zone, on trobàreu totes les formes víriques agrupades d’acord amb la classificació Baltimore, a més de dades molt interessants sobre el seu genoma i les característiques del cicle de moltíssims virus.If it’s one thing a biologist like it is order, and one of the remarkable points of Biology it’s that we do have a classification system for each thing. These classification systems are strong and trustful, and they define known entities, from living beings (taxa) to genes (genic families). But there are biological elements that, because of its nature, are extremely hard to classify, like viruses are.

Viruses are biological entities who give problems even to define them as biological entities, and the aggrupation of viruses based on its similarities, to create subsets with more or less homogeneous traits, was a nightmare until recently.

David Baltimore invented a classification system based on the chemistry of the viral genome of the viron and the nucleic acids polarity (+ if the chain is identical to the mRNA, so they can be transcripts directly, or +, if an intermediate transcriptional step is needed), that it’s summarized on this picture.

As a complement of this classification, we annex you this wiki, Viral Zone, where you will find all the viral forms grouped according whit Baltimore’s classification, besides of quite interesting data of its genome and the cycle’s traits of tones of viruses.

Caracterización filogenética en bacterias fermentadoras del vino.Caracterització filogenètica en bacteris fermentadors del vi.

Sergi Ferrer e Isabel Pardo son dos investigadores de la unidad docente de biólogicas, interesados en la microbiología de la elaboración de los vinos, concretamente en la fermentación maloláctica. La fermentación maloláctica es el proceso por el cual el ácido málico, presente de forma natural en la pulpa de muchos frutos como la uva y la manzana verde es convertido en ácido láctico. El ácido málico proporciona sabor ácido a las frutas  y su función es la de proteger frente a depredadores. La mayoría de los vinos sufren, natural o intencionadamente, la fermentación maloláctica.

Los lactobacilos son bacterias Gram +, no formadoras de esporas, sin enzima catalasa que se encuentran en una gran variedad de hábitats como bebidas fermentadas y alimentos, las membranas mucosas, el tracto intestinal de los animales y los seres humanos etc. Los lactobacilos son importantes en el proceso de elaboración del vino ya que pueden transformar los compuestos presentes en este. Algunos lactobacilos realizan fermentación maloláctica, aunque la especie Oenococcus oeni se asocia muy frecuentemente a este proceso. La fermentación maloláctica es empleada en la elaboración de vinos de calidad ya que reducen la acidez, aumenta la estabilidad microbiológica y mejora las propiedades organolépticas. La caracterización de las cepas de Lactobacillus es un hecho relevante para conocer mejor el proceso de vinificación y S. Ferrer e I. Pardo  caracterizaron filogenéticamente 10 cepas de lactobacilos conocidas. Las cepas fueron aisladas a partir de vinos de Bobal de bodegas con denominación de origen Utiel-Requena. Más tarde se secuenciaron la subunidad 16S del rRNA de las 10 cepas y posteriormente se realizó un análisis filogenético. El resultado puede verse en la figura. Mediante experimentos de hibridación determinaron que la cepa 59bT es un miembro de una nueva especie. Realizaron más estudios para la caracterización de las diferentes cepas, pero nos centraremos en los que hicieron en un estudio posterior, con una cepa descubierta en Korea,  en un lago de agua dulce.

En 2009, pusieron en duda el status taxonómico otorgado a una cepa de Lactobacillus aislada de un estanque en Korea. Song et al. mediante análisis de la subunidad 16S del rRNA llegaron a la conclusión de que esta cepa estaba estrechamente relacionada con Lactobacillus satsumensis =&047T NRIC. Más tarde se consiguó aislar estos lactobacilos de heces de ratón y del propio vino. En este momento I. Pardo y S. Ferrer inician un estudio de esta cepa realizando análisis de reconstrucción filogenética (máxima parsimonia, máxima verosimilitud) para determinar la taxonomía de la bacteria. En todos los árboles filogenéticos la cepa IMCC1736T formaba un clado con L. uvarum. Después, se realizaron estudios de hibridación de DNA obteniendo resultados de porcentaje de hibridación inferiores al 70% con lo que se concluyó que la cepa constituía una nueva especie. Más tarde, se contabilizó el número de guaninas y citosinas, determinándose que se encontraban dentro del rango para bacterias del género Lactobacillus. Además, se observó que la bacteria era incapaz de crecer en una concentración 5% de NaCl y a pH 3,3 (vive en un pH de 4,5-8), que no utilizaba gluconato ni pentosas en las fermentaciones (aunque sí otros carbohidratos como metil- α-D-manósido y celobiosa, mientras que L. uvarum no es capaz). La bacteria es Gram + y microaerófila. La propuesta de estos investigadores para el nombre de la bacteria es Lactobacillus aquaticus sp.

Con todo esto, se pone de manifiesto que el grupo de investigación formado por I. Pardo y S. Ferrer se preocupan en la determinación filogenética de lactobacilos implicados en la fermentación del vino, además de los diferentes aspectos de la fermentación maloláctica.

Sergi Ferrer i Isabel Pardo són dos investigadors de la unitat docent de biològiques, interessats en la microbiologia de l’elaboració dels vins, concretament en la fermentació malolàctica. La fermentació malolàctica és el procés pel qual l’àcid màlic, present de forma natural a la polpa de molts fruits com el raïm i la poma verda és convertit en àcid làctic. L’àcid màlic proporciona sabor àcid a les fruites i la seva funció és la de protegir enfront de depredadors. La majoria dels vins pateixen, natural o intencionadament, la fermentació malolàctica.

Els lactobacils són bacteris Gram +, no formadors d’espores, sense enzim catalasa que es troben en una gran varietat d’hàbitats com begudes fermentades i aliments, les membranes mucoses, el tracte intestinal dels animals i els éssers humans etc. Els lactobacils són importants en el procés d’elaboració del vi ja que poden transformar els compostos presents en aquest. Alguns lactobacils realitzen fermentació malolàctica, encara que l’espècie Oenococcus oeni s’associa moltes vegades a aquest procés. La fermentació malolàctica és emprada en l’elaboració de vins de qualitat ja que redueixen l’acidesa,

augmenta l’estabilitat microbiològica i millora les propietats organolèptiques. La caracterització de les soques de Lactobacillus és un fet rellevant per conèixer millor el procés de vinificació i S. Ferrer i I. Pardo caracteritzaren filogenèticament 10 soques de lactobacils conegudes. Les soques van ser aïllades a partir de vins de Bobal de cellers amb denominació d’origen Utiel-Requena. Més tard es van seqüenciar la subunitat 16S del rRNA de les 10 soques i posteriorment es va realitzar una anàlisi filogenètica. El resultat es pot veure a la figura. Mitjançant experiments d’hibridació determinaren que la soca 59bT és un membre d’una nova espècie. Van realitzar més estudis per a la caracterització de les diferents soques, però ens centrarem en els que van fer en un estudi posterior, amb una soca descoberta en un llac d’aigua dolça a Korea, en un llac d’aigua dolça.

El 2009, van posar en dubte l’estatus taxonòmic otorgat a una soca de Lactobacillus aïllada d’un estany a Korea. Song et al. mitjançant anàlisi de la subunitat 16S del rRNA van arribar a la conclusió que aquesta soca estava estretament relacionada amb Lactobacillus satsumensis =&047T NRIC. Més tard es va aconseguir aïllar aquests lactobacils d’excrements de ratolí i del propi vi. En aquest moment I. Pardo i S. Ferrer inicien un estudi d’aquesta soca realitzant anàlisi de reconstrucció filogenètica (màxima parsimònia, màxima versemblança) per determinar la taxonomia del bacteri. En tots els arbres filogenètics la soca IMCC1736T formava un clado amb L. uvarum. Després, es van realitzar estudis d’hibridació de DNA obtenint resultats de percentatge d’hibridació inferiors al 70% amb el que es va concloure que la soca constituïa una nova espècie. Més tard, es va comptabilitzar el nombre de guanines i citosines, determinant-se que es trobaven dins del rang per bacteris del gènere Lactobacillus. A més, es va observar que el bacteri era incapaç de créixer en una concentració 5% de NaCl i a pH 3,3 (viu en un pH de 4,5-8), que no utilitzava gluconat ni pentoses a les fermentacions (encara que sí altres carbohidrats com metil-α-D-manósido i celobiosa, mentre que L. uvarum no és capaç). El bacteri és Gram + i microaerófil. La proposta d’aquests investigadors per al nom del bacteri és Lactobacillus aquaticus sp.

Amb tot això, es posa de manifest que el grup de recerca format per I. Pardo i S. Ferrer es preocupen en la determinació filogenètica de lactobacils implicats en la fermentació del vi, a més dels diferents aspectes de la fermentació malolàctica.

Crecimiento bacteriológico ICreixement bacteriològic IBacterial growth I

Aquí tenéis un par de vídeos en los que se explica el crecimiento bacteriano.

Vídeo 1:
-Explicación de requerimientos físicos y químicos para el crecimiento de una población.
-Explicación de las características de los diferentes tipos de medios de cultivo.

Vídeo 2:
-Fases de crecimiento microbiano.
-Curvas de crecimiento.

Aquí teniu un parell de vídeos en què s’explica el creixement bacterià.

Vídeo 1:

-Explicació de requeriments físics i químics per al creixement d’una població.

-Explicació de les característiques dels diferents tipus de mitjans de cultiu.

Vídeo 2:

-Fases de creixement microbià.

-Corbes de creixement.

Here you have a couple of videos. They explain the bacterial growth

Video 1:

-Explanation about physics and chemist requirements for a population growth.

-Explanation of characteristics of different culture media types.

Video 2:

-Phases of bacterial growth.

-Bacterial growth curve.